Ο Σ. Σπανάκης αναφέρει ότι οι Πάνω Πουλιές είναι αρχαιότερος οικισμός από τις «Κάτω» αφού εμφανίζεται σε όλες τις απογραφές. Είναι ο πολυπληθέστερος οικισμός και οι πρώτες μνείες του απαντώνται σε συμβόλαια του 1271, του 1301 και του 1395 χωρίς να γίνεται η διάκριση που γίνεται σε όλες τις μετέπειτα απογραφές (Βενετσιάνικες και Οθωμανικές).
Το χωριό είναι όμορφο και με θαυμάσια θέα, αφού είναι χτισμένο στο φρύδι της λοφογραμμής που υψώνεται βορείως του Λευκοχωρίου και εκτείνεται μέχρι το Καλό Χωριό και έχει απέραντη θέα προς τη Μεσσαρά και τα Αστερούσια όρη. Στην περιφέρεια του χωριού (βορειοδυτικά) διασώζεται το τοπωνύμιο «Χιλιαδού» με ιδιαίτερη ιστορική του σημασία, που παραπέμπει στην αρχαιότητα. Το πιθανότερο είναι ο οικισμός να ήταν «αρκαδική κώμη».
O οικισμός Κάτω Πουλιές είναι ένα μικρό και όμορφο προσφυγοχώρι φημισμένο παλιότερα για την ομόνοια και σύμπνοια των κατοίκων του. Σήμερα κι αυτό ανήκει στην κατηγορία των χωριών που εγκαταλείπεται από τους νεότερους. Η αρχαιότερη αναφορά του χωριού απαντάται στη συλλογή έγγραφων του 1271 που ανήκαν στο συμβολαιογράφο «Pietro Scardon». Αν κάποιος μελετήσει τις παραδόσεις και συσχετίσει κάποια στοιχεία τότε οδηγείται σε ακόμα αρχαιότερες εποχές, στην εποχή δηλαδή της αρχαίας Αρκαδίας. Σύμφωνα με κάποιες προφορικές παραδόσεις η ονομασία του προήλθε από την ύπαρξη και λειτουργία εκτροφείων πτηνών κατά την περίοδο της βυζαντινής αυτοκρατορίας. Σωροί από οστά πουλιών βρίσκονται στην περιοχή με το τοπωνύμιο «Λούτρες».
Μια άλλη πιθανή εκδοχή για την προέλευση του ονόματος του χωριού είναι η σύνδεση του με το όνομα του αστερισμού της Πούλιας. Μια τρίτη (και πιθανότατα η πιο έγκυρη κατά τη γνώμη μου), είναι η προέλευση του ονόματος από τους πρώτους οικιστές του χωριού. Γνωρίζουμε ότι στην περιοχή της Καλαβρίας στην Κάτω Ιταλία και συγκεκριμένα στην περιοχή του Monte Bianco υπάρχει μια μεγάλη κωμόπολη και ολόκληρη περιοχή που ονομάζεται Πούλια.
Πιθανότατα λοιπόν οι άποικοι από την Πούλια της Καλαβρίας (που ήρθαν μετά από την πρόσκληση των βενετσιάνων που επιθυμούσαν να εκλατινίσουν τη Μεγαλόνησο εφαρμόζοντας την πολιτική του στρατιωτικού αποικισμού) εγκαταστάσθηκαν στο χωριό στο οποίο έδωσαν και το όνομα. Γι’ αυτό και οι πρώτες καταγραφές του χωριού είναι σε ενικό αριθμό «Πουλέα» και «Πουλιά». Το «βάφτισμα» της νέας πατρίδας με το όνομα της παλιάς είναι πολύ συνηθισμένο φαινόμενο στην ιστορία των λαών και των αποικισμών.
Στην περιφέρεια του χωριού αναφέρεται ότι ο βενετσιάνος ευγενής (Venetus Nobile) «Γαβλιήλ Βενιέρος» (ή Βενιέρης) κατείχε τμήμα γης πιθανόν φέουδο. Ισως τα οικοδομικά λείψανα και οι θεμελιώσεις οικοδομημάτων που βρίσκονται στο μικρό ύψωμα στα νοτιοδυτικά του χωριού που ονομάζεται «Τεπές», να ανήκουν στο αρχοντικό του. Σήμερα διακρίνεται ένα μικρό πευκόδασος που είναι φυτεμένο εκεί. Ο βενετσιάνος ευγενής Γαβριήλ Βενιέρη ανακρίθηκε (με τις μεθόδους της εποχής) και εκτελέστηκε με απαγχονισμό με εντολή του αρχιστράτηγου των δυνάμεων της αυτόνομης δημοκρατίας του Αγίου Μάρκου «Ιωάννη Καλλέργη». Μαζί του «… ηυχένισε και τινας συνεταίρους του.»
Το χωριό κατοικήθηκε αποκλειστικά από πρόσφυγες μετά τη μικρασιατική καταστροφή που ήρθαν από την περιοχή του «Τσεσμέ» της μικρασιατικής παραλίας. Η προοδευτικότητα των κατοίκων φάνηκε από τον πρώτο καιρό της εγκατάστασής τους. Στα πρώτα κιόλας χρόνια της εγκατάστασής τους οι πρόσφυγες του χωριού είναι οι πρώτοι που έφτιαξαν αγροτικό συνεταιρισμό στην ύπαιθρο χώρα του Νομού Ηρακλείου. Πρώτοι επίσης ίδρυσαν συνεταιριστικό αλευρόμυλο και μηχανοκίνητο ελαιοτριβείο το οποίο σήμερα ανήκει σε ιδιώτες και εξακολουθεί να λειτουργεί εκσυγχρονισμένο.
