Οι Σίσες είναι ορεινό χωριό του ομώνυμου δημοτικού διαμερίσματος του δήμου Μυλοποτάμου του νομού Ρεθύμνης. Στην τελευταία απογραφή του 2001, ο πληθυσμός του χωριού ήταν 525 κάτοικοι.
Οι κύριες αγροτικές ασχολίες του χωριού είναι κτηνοτροφία, μελισσοκομία και τις τελευταίες δεκαετίες η καλλιέργεια εσπεριδοειδών και ελαιοδένδρων.
Τα πορτοκάλια και το λάδι των Σισών θεωρούνται εξαιρετικής ποιότητας. Επίσης στις Σίσες συλλέγεται από το φυτό αγκίσαρος, η εξαιρετικής ποιότητας αρωματική ρητίνη, αλάδανος.
Το όνομα έχει μινωική προέλευση και διασώθηκε ακέραιο στο πέρασμα των αιώνων στο σημερινό χωριό. Το 1965 κατά την εκτέλεση έργων βόρεια του χωριού, βρέθηκε μια κυλινδρική στήλη ύψους 0,64 και διαμέτρου 0,45 μ. που χρησίμευε σαν βωμός ή οροθέσιο της περιοχής.
Επάνω στην κυλινδρική επιφάνεια της είναι χαραγμένη με γράμματα του 2ου ή των αρχών του 1ου π.Χ. αιώνα η λέξη ΣΙΣΑΙΩΝ. Η στήλη αυτή με το όνομα Σισαίων, τα νομίσματα που έχουν βρεθεί σε τάφους, τα ερείπια που φαίνονται στο χώρο δείχνουν ότι στο μέρος αυτό υπήρχε αρχαία πόλη με το όνομα Σίσα ή Σίσαι και οι κάτοικοι Σισαίοι, αν και δεν αναφέρεται από τους αρχαίους συγγραφείς.
Aναφέρεται στα κείμενα του Francesco Barozzi το 1577. Ο Καστροφύλακας (Κ183) αναφέρει ότι το χωριό έχει 370 οφειλόμενες αγγαρείες, αλλά δεν αναφέρει τον πληθυσμό του. Επίσης αναφέρεται από τον Φραντσέσκο Μπαζιλικάτα(1630) και την τουρκική απογραφή του 1671 ως Sisses.
Σε ανασκαφές που πραγματοποίησε ο Γερμανός καθηγητής Siegfried Ε. Kuss στην περιοχή το 1963, βρέθηκε πληθώρα απολιθωμένων οστών από ζώα που έζησαν στην Κρήτη και στο νότιο Αιγαίο των Μειοκαινικών και Πλειστοκαινικών θηλαστικών, τα οποία καλύπτουν μία περίοδο από 15 εκατομμύρια χρόνια μέχρι πριν 10.000 χρόνια
Βορειοδυτικά του χωριού, κοντά στην Αλυκή, διαμορφώνοντας το χώρο για καλλιέργειες, το 1965, ήρθε στην επιφάνεια κυλινδρική πέτρα με διάμετρο:0,45 μ. και ύψος:0,64 μ. Έφερε επιγραφή ΣΙΣΑΙΩΝ και θεωρείται ότι χρησίμευε ως βωμός ή όρος (terminum sacrificalem). To γεγονός ανέφερε στην Αρχαιολογική Υπηρεσία ο Ηρακλειώτης Μιχ. Γ. Διαλυνάς, η οποία παρέλαβε την επιγραφή, που σήμερα βρίσκεται στο Μουσείο Ηρακλείου.
Η επιγραφή Σισαίων πιστοποιεί, ότι στη θέση αυτή υπήρχε παράλιος πόλη, που το όνομά της πρέπει να ήταν Σίσα ή Σίσαι, όνομα που διασώζει αναλλοίωτο το σημερινό χωριό. Όπως προκύπτει από το σχήμα των γραμμάτων, η επιγραφή ανήκει στα τέλη του Β ή στις αρχές του A' π.Χ. αιώνα.
Ενδέχεται η αρχαία πόλη να ξεκινούσε από τα Σίσαρχα (όπως υποδηλώνει το όνομα), οικισμό σήμερα του δήμου Ανωγείων, που βρίσκεται σε υψόμετρο 640 μ. και να τελείωνε παραθαλάσσια, στη σημερινή περιοχή των Σισών.
Η εκκλησία του χωριού είναι αφιερωμένη στον Άγιο Γεώργιο. Εκκλησιαστικά υπάγεται στην Στ΄ Αρχιερατική Περιφέρεια της Ιεράς Μητροπόλεως Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου, της Εκκλησίας της Κρήτης
Στην ευρύτερη περιοχή συλλέγεται - αποκλειστικά στον κόσμο η κομμεορητίνη λάδανο “Το Μύρο της Βίβλου” από το φυτό Λαδανιά (Cistus Creticus). Οι κάτοικοί του ασχολούνται με την κτηνοτροφία, την καλλιέργεια εσπεριδοειδών, κυρίως πορτοκάλια, κοντά στη θάλασσα και την μελισσοκομεία
Στην περιοχή των Σισών υπάρχουν σκωρίες(σκουριές), πράγμα που σημαίνει ότι υπάρχει σιδηρομετάλλευμα, που τα αρχαιότερα χρόνια, εκαμίνευαν οι τότε κάτοικοι. (Βλ. και «Κρητικά Χρονικά», ΙΘ', σ. 284, 229).
Τo όνομα Σίσαι είναι ασφαλώς προελληνικό και η ρίζα του, όπως και των οικισμών Σίσι και Σίσαρχα σχετίζεται με το όνομα της πόλης Sis στο εσωτερικό της Κιλικίας, σύμφωνα με τον Στυλ. Αλεξίου. (To Έργον της Αρχαιολογικής Εταιρίας κατά το 1965, a.141). Η αρχαία πόλη Σίσαι είναι άγνωστη και δεν αναφέρεται σε καμία πηγή.
Οι σύγχρονοι κάτοικοι έχουν διαμορφώσει τη δική τους εκδοχή για την ετυμολογία του χωριού. Εκδοχή που σχετίζεται με τους Τούρκους και μια μάχη στη θέση Μνήματα (στου «Λευτέρη το Κούτελο»). [Το χωριό έγινε πεδίο πολεμικών συγκρούσεων με τους Τούρκους, σίγουρα σε δύο περιόδους.
Την πρώτη ήταν από το 1646-1669 με την κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους(βλέπε παρακάτω) και τη δεύτερη την περίοδο της επαναστάσεως του 1821, που κατέληξε στην πυρπόληση της Μονής Βοσάκου].
