Οι Καλοί Λιμένες είναι παράλιος οικισμός της Κοινότητας Πηγαϊδακίων του Δήμου Φαιστού στην Περιφερειακή Ενότητα Ηρακλείου της Κρήτης. 

Ανήκε στην επαρχία Καινούργιου του νομού Ηρακλείου. Η απόστασή του από την πόλη του Ηρακλείου είναι 77 χιλιόμετρα.

Απέναντι από το λιμάνι και λίγες μόλις εκατοντάδες μέτρα υπάρχει η νησίδα "Απόστολος Παύλος" την οποία οι ντόπιοι ονομάζουν μικρό νησί, και στην οποία υπάρχουν εγκαταστάσεις για τον ανεφοδιασμό ποντοπόρων πλοίων. 

Μια δεύτερη νησίδα σε απόσταση μερικών εκατοντάδων μέτρων νοτιοδυτικά της πρώτης είναι γνωστή ως "μεγάλο νησί" η "μπομπιανό νησί". 

Επίσης, σε κοντινό λόφο είναι χτισμένη εκκλησία αφιερωμένη στον Απόστολο Παύλο. Την έχτισε το 1911 ο Χατζή Κωστή Καρτεράκης, καταγόμενος από την Πόμπια. Εκκλησία εμφανίζεται ακριβώς στην ίδια θέση σε ενετικούς χάρτες του 1700. Δίπλα στο ναό υπάρχει μικρή σπηλιά, στην οποία σύμφωνα με την παράδοση, διέμεινε ο Απόστολος Παύλος.

Οι παραλίες στη γύρω περιοχή είναι γνωστές με τα ονόματα: Μακριά άμμος (ή Αρμυρίκια, ή Δεντρά, ή Σισσαμόλακος), Ψιλή Άμμος, Καραβόβρυση, Στενά. Έυκολη πρόσβασή μέσω θαλάσσης έχει κανείς στο Αγιοφάραγγο, στο Μάρτσαλο αλλά και στο Τραχύλι κοντά στο ακρωτήριο Λίθινον.

Η ονομασία του χωριού είναι αρχαιότατη και μάλιστα αναφέρεται στις Πράξεις των Αποστόλων (27,8), διότι στο σημείο αυτό αποβιβάστηκε ο Απόστολος Παύλος, όταν μεταφερόταν στη Ρώμη.

Την περίοδο της Ενετοκρατίας διάφορα ξένα πλοία διενεργούσαν από τους Καλούς Λιμένες λαθρεμπόριο και αυτό αναφέρεται από τον Φραντσέσκο Μπαζιλικάτα 

Όπως αναφέρει ο Άγγλος περιηγητής Σπρατ που επιστέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στα 1865, η περιοχή, συμπεριλαμβανομένου και του φυσικού λιμένα, ανήκε στην ιερά μονή Οδηγητρίας.

Η μονή αυτή βρίσκεται μερικά χιλιόμετρα βόρεια του όρμου. Μάλιστα ο ηγούμενος της μονής ήταν υποχρεωμένος να διατηρεί στον όρμο φυλάκιο επανδρωμένο με προσωπικό της μονής και να ενημερώνει την τοπική αρχή για οποιαδήποτε κίνηση πλοίου.

Στα ανατολικά του σημερινού οικισμού βρίσκονται στην περιοχή Χρυσοστόμου τα ερείπια της αρχαίας πόλης Λασαία. Η τελευταία άκμασε στα ρωμαϊκά χρόνια και ήταν λιμένας της Γόρτυνας. Η πόλη αυτή αναφέρεται στο ρωμαϊκό νόμισμα ως Θάλασσα και αλλού με τα ονόματα Άλασα και Λασός. 

Η θέση της Λασαίας διαπιστώνεται και στο έργο του Άγγλου Σπρατ. Ο Σπρατ αγόρασε στην περιοχή δαχτυλίδι από χρυσάφι που έγραφε επάνω "Τρυφηνία". Πιθανότατα έχει σχέση με το όνομα της γυναίκας στην οποία στέλνει χαιρετισμούς ο Απόστολος Παύλος, που ονομαζόταν Τρύφαινα

Μακριά Άμμος

Η Μακριά Άμμος είναι παραλία ανατολικά των Καλών Λιμένων με μήκος μεγαλύτερο από ένα χιλιόμετρο. Ειναι γνωστή και ως Αρμυρίκια (τα) η Δεντρά (τα) η ακόμα και ως Σισσαμόλακος, ενά τοπωνύμιο που επιβιώνει από την ενετική εποχή και υποδηλώνει την καλλιέργεια σουσσαμιού στην γύρω περιοχή.