O Άγιος Ιωάννης ο παραδοσιακός οικισμός του Δήμου Μυλοποτάμου

O Άγιος Ιωάννης είναι χωριό και έδρα ομώνυμης κοινότητας του Δήμου Μυλοποτάμου στην Περιφερειακή Ενότητα Ρεθύμνης της Κρήτης. Βρίσκεται 40 χιλιόμετρα ανατολικά από το Ρέθυμνο, σε υψόμετρο 430 μέτρα. 

Το χωριό έχει ανακηρυχθεί παραδοσιακός οικισμός της Ελλάδας και διασώζει τον βενετσιάνικο χαρακτήρα του.

Το χωριό αναφέρεται από τον Φραντσέσκο Μπαρότσι το 1577 ως S. Zuanne. Στην ενετική απογραφή του 1583 από Καστροφύλακα αναφέρεται ως S. Zuanne με 119 κατοίκους και ο Φραντσέσκο Μπαζιλικάτα το 1630 ως S. Giovanni. Στην οθωμανική απογραφή του 1671 αναφέρεται ως Ayo Yani, με 26 χαράτσια. 

Το 1881 ανήκε στο δήμο Αβδανιτών και σύμφωνα με την απογραφή είχε 169 Χριστιανούς και 15 Τούρκους κατοίκους. Στην απογραφή του 1900 είχε 217 κατοίκους.

Το 1925, ο Άγιος Ιωάννης υπάχθηκε στην κοινότητα Επισκοπής Μυλοποτάμου, αλλά το 1933 ορίστηκε έδρα της κοινότητας Αγίου Ιωάννη, η οποία διατηρήθηκε μέχρι την Καποδιστριακή διοικητική διαίρεση το 1997, όταν εντάχθηκε στον δήμο Κουλούκωνα.

Ο οικισμός διατηρεί σε μεγάλο βαθμό τον βενετικό του χαρακτήρα, με πολλά κτίρια να σώζονται τουλάχιστον για 5 αιώνες, διατηρώντας τα λαξευτά θυρώματα και τις αυλές τους. Ένα από τα αρχοντικά συνέχισε να κατοικείται και έγινε οικία του Μπέη του Μυλοποτάμου, γνωστή και ως κονάκι του Μουσταφά αγά. 

Ο τελευταίος Μπέης ήταν ο Μουσταφά Χατζή Χασάν Ογλού (1827-1915), ο οποίος ασπάστηκε με τη γυναίκα του τον Χριστιανισμό το 1884. Πάνω από την εξωτερική θύρα του σώζεται οθωμανική επιγραφή με τη χρονολογία 1792.

Στο χωριό διατηρούνται τέσσερις εκκλησίες. Η κεντρική εκκλησία είναι αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο και το τέμπλο της φέρει τη χρονολογία 1863. Στο κοιμητήριο του χωριού βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου, του οποίου το τέμπλο σύμφωνα με επιγραφή ολοκληρώθηκε 1865. 

Στο χωριό βρίσκονται επίσης ο ναός του Αγίου Νεκταρίου και ο ναός της Κοίμησης της Θεοτόκου, του οποίου το εσωτερικό είναι διακοσμημένο με βυζαντινές τοιχογραφίες. 

Οι τοιχογραφίες είναι προσεκτικά ζωγραφισμένες σε γραμμικό στυλ. Ξεχωρίζουν οι τοιχογραφίες των επισκόπων στους πλάγιους τοίχους και η παράσταση της Κοίμησης της Θεοτόκου. Ο Ιωάννης Σπαθαράκης χρονολογεί τις τοιχογραφίες του ναού στις αρχές του 14ου αιώνα.

Ως οικισμός αναφέρεται επίσημα το 1925 στο ΦΕΚ 27Α - 31/01/1925 να προσαρτάται στην τότε κοινότητα Επισκοπής Μυλοποτάμου ενώ το 1933 στο ΦΕΚ 390Α - 16/12/1933 να ορίζεται έδρα της ομώνυμης νεοϊδρυθείσας κοινότητας.

Σύμφωνα με το πρόγραμμα Καλλικράτης και το πρόγραμμα Κλεισθένης Ι αποτελεί την κοινότητα Αγίου Ιωάννη Μυλοποτάμου που υπάγεται στη δημοτική ενότητα Κουκουλώνα του δήμου Μυλοποτάμου και σύμφωνα με την απογραφή 2011 έχει 74 κατοίκους.