Οι Βρύσες είναι κτισμένες στους πρόποδες των Λευκών Ορέων (Μαδάρες) σε υψόμετρο 62 μέτρων. 

Το χωριό βρίσκεται 16 χιλιόμετρα ανατολικά των Χανίων, στη διασταύρωση της εθνικής οδού Χανίων - Ρεθύμνου - Ηρακλείου και την επαρχιακή οδό που καταλήγει στα Σφακιά. 

Από το χωριό περνούν τρεις ποταμοί:

• Ο Μπούτακας: 
• Οι πηγές του είναι ανάμεσα Εμπρόσνερο και Βαφέ. Τρέχει το χειμώνα και την άνοιξη και πιο πολύ όταν φυσάει νότιος άνεμος και λιώνει το χιόνι στις Μαδάρες. Το όνομά του προέρχεται εκ του εν-βαίνω > εμπαίνω > μπαίνω, δηλαδή ποταμός που μπορεί να μπει κανείς μέσα να βουτήξει. Οι ποταμοί Μπούτακας και Βρυσιανός συμβάλλουν στις Βρύσες.

• Τα Φαρμακερά: 
• Ο ποταμός αυτός έρχεται από το Νίππος και Βαφέ.

Πέρα από αυτούς, από το χωριού περνούν και τα εξής ριάκια:

• Το Ροτάκι: 
• Τα νερά του έρχονται από την περιοχή του Εμπροσνέρου.
• 
  
• Το ρυάκι του Κα­ρυ­διού: 
• 
  
• Έρχεται από το μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου στο Καρύδι και χύνεται στον ποταμό της Πηγής.
• 
  
• Ρυάκι Αναβρετής: 
• 
  
• Τα νερά του έρχονται από το μετόχι Γετίμι και χύνεται στον ποταμό της
• 
  
• Ο ποταμός της πηγής: 
• 
  
• Τα νερά του πο­ταμού αυτού έρχονται από τα βουνά και τα ρυάκια των χωριών Νίππος, Τζιτζιφέ και Πεμόνια.

 Βρισκόμαστε στον Ιανουάριο του 1897 και ο ελληνοτουρκικός πόλεμος καλά κρατά. Στην Κρήτη η κατάσταση μεταξύ των δύο λαών έχει φθάσει  σε μεγάλη ένταση. 

Δολοφονίες, εμπρησμοί χωριών, φονικές συμπλοκές ξεσπούν διαδοχικά στις πόλεις και τα χωριά προκαλούμενες από τους Τούρκους, αποδεδειγμένα συμπράττοντας σ΄ αυτά και ο εκεί υφιστάμενος οθωμανικός στρατός.